記事数が増えてきて心配なので、どういう対処方法があるのかGoogleで探してみました。

movabletype

構築が遅い時の見直し
不要なテンプレートの削除
MTタグを活かしているか？
行いたいことを、効率良くできるプラグインを使っているか

いろいろな方面で解決方法を集めてあります。

「1回に再構築する個別アーカイブのページ数を少なくする！」
こうすれば、瞬間にかかる負荷を小さくできる（瞬間最大風速を下げる）。

サーバのリソース制限を回避するために、
一度に再構築する記事数を制限する
設定項目があるそうで。

関連すると思われる設定項目